Megaman Battle Network 5 : Team Colonel. Ceritanya dunia sudah modern sehingga masing-masing orang memiliki sebuah PET (Personal Terminal). PET inilah yang mengerjakan semua pekerjaan manusia via internet. Suatu saat dunia sedang dalam masa krisis karena ada suatu kelompok penjahat (di game ini, namanya Nebula) yang hendak menguasai dunia melalui internet. Yang dilakukan pertama kali adalah menculik Dr. Hikari (programmer terjenius saat itu) untuk membuatkan suatu program PET yang tak terkalahkan, Nebula juga mencuri PET yang lain (Gutsman.exe, Glyde.exe, Roll.exe) agar rencananya bisa berjalan dengan lancar. Lan Hikari yang PET miliknya (Megaman.exe) selamat dari pencurian itu memutuskan untuk mencari ayahnya. Diawal pencarian, dia direkrut sebagai salah satu anggota pasukan pembebasan oleh Baryl (PETnya Colonel.exe). Ditengah-tengah petualangan, Lan bertemu lagi dengan kawan-kawan lama dari seri sebelumnya antara lain Princess Pride (PETnya KnightMan.exe), orang misterius (PETnyaShadowman.exe), dll.
Megaman ini dibuat 2 versi, versi yang satu lagi adalah Megaman battle Network 5 : Team Protoman. Ceritanya sama hanya yang jadi pemimpin berbeda.