untuk database bisa pake JBDC, disitu sdh banyak class dan fungsi3 yg mungkin kita butuhkan dan itu sdh tersedia, kita tinggal panggil ajah.
Laennya, ada iBatis, kita melakukan mapping. kita menuliskan source code SQL di file2 xml tapi sebelumnya kita buat dulu TO (transfer object) dimana TO itu punya properti/atribut sesuai dengan field2 dari table yg akan diakses.
Terus masih ada Hibernate, kita bisa melakukan generate table dari situ. Dia juga bertindak sebagai jalur khusus untuk menghubungkan table dengan aplikasi java.
Kemudian...server buat deployment. Yang terkenal tuh jboss sama apache tomcat. Klo kita develop pake netbeans, biasanya di embeded juga Sun Java AppServer. Untuk konfigurasi, tinggal klik2 aja....hehehe..
Untuk deployment, menurut saya, lebih enak pake eclipse, dia jauuh lebih canggih dari netbeans. Klo netbeans itu kan buatannya sun, jadi ya pasti sun merekomendasikan pake netbeans. Lagian, Borland JBuilder versi terbaru jg bakal di kembangkan dari eclipse, cuman ditambah bbrp library ajah. OIA, klo pas belajar awal2 sih saya cenderung pake Editplus ajah, itu akan membuat org awam./pemula untuk bisa cepat belajar terutama mengenai konsep OOP. Bedanya, di editplus tidak ada "si cerdas" Ctrl-Space, jadi kita mesti ngetik semuanya manual.....dan itu akan membuat org yg lagi belajar bisa lebih cepat dlm menghafal sintaks java. =D